Алматы қаласында алғаш рет балалар ауруханасы 1936 жылы Наркомземнің бұрынғы ғимаратында Калинин (қазіргі Қабанбай батыр көшесі) және Интернациональная (қазіргі Мәуленов көшесі) көшелерінің бұрышында ашылды. Бір қызығы, бірінші балалар ауруханасының 175 төсегінің 100 төсегі трахомамен ауыратын науқастарға арналған, ал қалғаны басқа балалар аурулары үшін 75 төсек-орын ғана болатын. Қазір кейбір елдерде жыл сайын миллионнан астам баланы көру қабілетінен айыратын жұқпалы ауру бізде де өзекті болғанына сенбеймін. Кеңес дәуіріні медицинасының жетістіктері трахома ауруын нөлге дейін азайтты. Алайда, жалпы алғанда, жұқпалы ауру тек өзгереді, бірақ төмендемейді.
Бүгінгі таңда басқа инфекция аурулары өзекті мәселеге айналған және де педиатр-инфекционистердің күш-жігері аталмыш инфекциялармен күресуге бағытталған.
Аурухананың төсек қоры осындай ұзақ мерзім ішінде бірнеше рет өзгерді және қазіргі уақытта клиника 360 төсекке орналастырылды.
БҚКИА базасында Қазақстанның екі жетекші медициналық жоғары оқу орны – С.Асфендияров атындағы Қазақ ұлттық медициналық университетінің профессор -оқытушылар құрамы және Қазақ медициналық үздіксіз білім беру университетінің ұжымдары, сондай-ақ үш медициналық колледждің – Республикалық медициналық колледждің, Алматы қалалық медициналық колледжінің және «Эмили» мейіргерлер ісі бойынша институтының ұжымдары жұмыс істейді.
Ана мен бала денсаулығын жақсартудағы жоғары көрсеткіштері үшін клиника 2007 жылы «Алтын жүрек» Құрметті ұлттық наградасымен марапатталды. Дүниежүзілік Денсаулық сақтау ұйымының (ДДСҰ) бағдарламасы бойынша Қазақстанда балалар денсаулығын дамытуда қол жеткізген жетістіктері үшін аурухана «Еуропалық сапа белгісімен»марапатталды.
2020 жылғы 26 қазанда Алатау ауданының, «Теректі» ықшам ауданында орналасқан Алматы қ. ҚДСБ ШЖҚ «Балалар қалалық клиникалық жұқпалы аурулар ауруханасы» МКК базасында балаларға сапалы медициналық көмек көрсетуге арналған жаңа модульдік инфекциялық стационар пайдалануға берілді. Модульдік стационардың құрылысын 01.08.2020 жылы еліміздегі ең ірі «BI GROUP»құрылыс компаниясы бастады. Құрылыстың аяқталу күні 01.10.2020 ж.
8 палаталы бөлімше бар, оның ішінде боксталған палаталары бар: 2 блок және жартылай боксталған 6 блок.147 төсектік модульдік филиал 2023 жылғы 15 наурыздан бастап Алатау ауданында, Көкқайнар ш / а, Мамбетов к-сі 1/10 құрылымында қабылдау бөлмесі және 4 клиникалық бөлімше, 6 төсектік реанимация, әкімшілік бөлім, Функционалдық диагностика бөлімшесі жұмыс істейді.Ұйымдық құрылым.
Байзақова -299″ а » Қаланың Бостандық, Медесук, Алмалы, Әуезов аудандарынан инфекциялық патологиясы бар балаларға қызмет көрсетеді.
Теректі, Ташкент трактісі – 541 Алатау, Наурызбай қалаларының 2 ауданынан инфекциялық патологиясы бар балаларға қызмет көрсетеді.
Модульдік стационар Көкқайнар ш / а, Мамбетов к-сі 1/63, Алматы қаласы Жетісу және Түрксіб ауданы.
Стационар құрылымында: 22 клиникалық бөлімше, 3 қабылдау бөлімшесі. Бұдан басқа, 48 төсекке арналған 3 реанимация және қарқынды терапия бөлімшесі (ОРИТ). Сондай-ақ, аурухананың құрылымына мыналар кіреді: статистика бөлімі, Функционалдық диагностика бөлімі (ультрадыбыстық, КТ, рентген), клиникалық-диагностикалық зертхана, бак зертхана, ПТР зертхана, орталық зарарсыздандыру бөлімі, физиотерапия бөлімі; қан кабинеті, ас блогы.