Впервые детская больница в городе Алма-А организована в 1936 году в бывшем помещении Наркомзема на углу улиц Калинина (ныне улица Кабанбай батыра) и Интернациональная (ныне улица Мауленова). Интересен тот факт, что из 175 коек первой детской больницы 100 коек было развернуто для больных трахомой, и только 75 коек для всех остальных детских заболеваний. Сейчас не верится, что инфекционное заболевание, которое и сегодня лишает зрения более миллиона детей ежегодно в некоторых странах, когда-то было актуально и у нас. Достижения советской медицины свели заболеваемость трахомой практически до нуля. Однако в целом инфекционная заболеваемость лишь меняется, но не снижается.
Сегодня актуальны другие инфекции и на борьбу с ними направлены усилия педиатров-инфекционистов.
Коечный фонд больницы за столь длительный срок неоднократно менялся и в настоящее время клиника развернута на 360 коек.
На базе ДГКИБ работает профессорско-преподавательский состав двух ведущих медицинских вузов Казахстана – Казахского Национального медицинского университета им. С.Д. Асфендиярова и Казахского медицинского университета непрерывного образования, а также коллективы трех медицинских колледжей – Республиканского медицинского колледжа, Алматинского городского медицинского колледжа и Медицинского центра «Эмили» Институт сестринского дела.
За высокие показатели в улучшении здоровья матери и ребенка клиника награждена в 2007 году Почетной Национальной наградой «Алтын жүрек». За достигнутые успехи в развитии детского здравоохранения в Казахстане по Программе Всемирной Организации Здравоохранения (ВОЗ) больница награждена «Европейским Знаком качества».